Depuis le début du XX° siècle, les définitions n’ont cessé d’évoluer. Le terme de transsexualisme date de 1923 mais son diagnostic clinique précis entre dans les classifications internationales seulement en 1980, dans la rubrique des troubles mentaux.
D’une maladie mentale, nous sommes passés à une définition d’un troubles de l'identité sexuelle. Aujourd'hui les transsexuels sont définis comme des hommes ou des femmes existant dans un corps d’homme ou de femme. Les transsexuels n’essaient pas de changer de genre, mais seulement de sexe.
Dans la dixième révision de la classification internationale des troubles mentaux et du comportement (CIM ou ICD-10) de l’Organisation mondiale de la santé, on trouve le transsexualisme sous le point F64 intitulé «Troubles de l'identité sexuelle»,(- qui est bien distinct du point F66 intitulé «Problèmes psychologiques et comportementaux associés au développement sexuel et à l'orientation sexuelle» qui traite du choix sexuel, ou encore du point F65 intitulé «Troubles de la préférence sexuelle» et qui correspond à ce qu'on appelait auparavant les «perversions sexuelles»-) qui définit le transsexualisme de la manière suivante :
«Il s'agit d'un désir de vivre et d'être accepté en tant que personne appartenant au sexe opposé. Ce désir s'accompagne habituellement d'un sentiment de malaise ou d'inadaptation envers son propre sexe anatomique et du souhait de subir une intervention chirurgicale ou un traitement hormonal afin de rendre son corps aussi conforme que possible au sexe désiré.»
Pour faire ce diagnostic, l'identité de type transsexuel doit avoir été présente d'une manière persistante pendant au moins deux ans, ne pas être un symptôme d'un autre trouble mental tel qu'une schizophrénie, et ne pas être associée à une autre anomalie sexuelle génétique ou chromosomique.
Ce trouble de l'identité sexuelle débute le plus souvent dans l'enfance (F64.2) :
«Trouble débutant habituellement dans la première enfance (et toujours bien avant la puberté), caractérisé par un désarroi intense et persistant relatif au sexe assigné, accompagné d'un désir d'appartenir à l'autre sexe (ou d'une affirmation d'en faire partie). L'enfant est préoccupé en permanence par les vêtements et les activités propres au sexe opposé et rejette son propre sexe. Ce trouble, probablement peu fréquent, ne se limite pas à un refus des stéréotypes comportementaux associés à chaque sexe. Il doit exister une perturbation profonde de l'identité sexuelle normale pour porter ce diagnostic ; il ne suffit pas qu'une fille soit simplement un ‘garçon manqué’ ou qu'un garçon soit une ‘fille manquée’».
Le fait de qualifier le transsexualisme comme une maladie mentale est dû aux sociétés patriarcales, qui font des hommes et des femmes deux "classes" totalement séparées.
Heureusement, l’Histoire nous montre que toutes les société n'ont pas abordé la chose de la même manière. Prenons l’exemple des indiens d'Amérique du Nord qui ont des sociétés avec trois ou même quatre genres leur permettant d'intégrer les personnes homosexuelles, transgenres et transsexuelles.
On note également que depuis l’Antiquité, des formes primitives d'opération de réattribution de sexe ont été pratiquées. D’ailleurs, des groupes comme les Hijras du sous-continent Indien continuent à les pratiquer.
Le transsexualisme apparaît donc comme une discordance entre l'identité de genre (-conviction intime d'un être humain d'être de tel ou tel genre-) et l'identité de sexe (-ensemble de caractéristiques anatomiques, physiologiques et génétiques qui font dire que telle personne soit mâle soit femelle, soit hermaphrodite, soit intersexuée plutôt masculine, soit intersexuée plutôt féminine-) d'un individu.